В помёте был всего один котёнок, что для кошек ненормально.

Таким же образом можно заявить: "Чего ты так серьёзно к этому относишься? Сказка есть сказка, и не надо разбирать социальные законы волшебных, наделённых мышлением, говорящих котов, ибо они вымышленны. И ежели они такие волшебные, на них и генетика не распространяется! :)"
Мне просто интересно разобрать эту то ли недоработку хантеров, то ли намеренную ошибку, которую они дали племенам.

Будь это реальная жизнь, они давно выродились бы и вымерли. Но Хантерши явно об этом не заботятся, а значит, и нам не стоит об этом беспокоиться. А экзогамия установлена ради сохранения племен - в самом деле, к какому племени относить полукровок, на чью сторону они станут, если начнется война между родственными им племенами? На мой личный взгляд, котам следовало бы объединиться еще с самого начала в одно племя, но, раз уж этого не удалось, то, наверное, экзогамия лучший вариант.

"Итак, я кот Грозового Племени. Моя мать родом из Речного Племени, сестра ушла к коту из Племени Ветра, дочерей я отдал в Племя Теней, откуда родом и моя собственная подруга... И зачем нам воевать с этими племенами, в каждом из которых у меня есть родственники? Нет, товарищи предводители, договаривайтесь, как хотите, но воевать я не собираюсь!"
На этом примере мы наглядно видим, что отмена экзогамии и введение эндогамии будет способствовать снижению количества войн и заставит предводителей договариваться друг с другом по поводу решения различных спорных вопросов. Таким образом, значительно укрепятся отношения племён, точнее кланов.

У принцессы все котята живы-здоровы.

Не говори так категорично - просто это реже случается, и такие кошки дольше рожают.

Вот-вот...

яндекс в помощь о том, как рожают кошки, что нормально и что нет... для кошек даже так называемый ляп как "котиться с рассвета" - нормально, а уж один котенок - это не нарушение генов из-за экзогамии.